1990 yılında çevre sakinleri ve Havaalanı Mahallesi Muhtarlığının girişimi ile okul ihtiyacının artması konusu makamlara bildirilmiş bunun üzerine İl ve İlçe Milli Eğitim Müdürlüğü bölgede keşif yapmıştır. Ancak bölgede bu iş için kullanılacak hazine arsası olmadığından çevre sakinleri şu anda okulun bulunduğu 22 pafta ve 700 (11/23 ve 11/24) parselde özel mülkiyeti Cevdet ER' e ait arsanın kamulaştırılmasının okul için uygun olduğunu belirtmişlerdir. İstanbul İl Milli Eğitim Müdürlüğünün girişimi ile İl Özel İdaresi tarafından tamamı 700 m2 olan bu parsel, okul yapımı için 360.000.000 TL bedelle 1990 yılında kamulaştırılmıştır. 1991 yılı yatırım programına alınan okul inşaatı ilk aylardan itibaren hızla başlayıp devam etmiş ve 16 Ekim 1991 günü Bakırköy İlçe Milli Eğitim Müdürü Halis SEZGİN tarafından eğitim-öğretime açılmıştır. 

1991 yılı Birleşmiş Milletler tarafından " Yunus Emre Sevgi ve Barış Yılı" olarak kabul edilmiştir. Barış, dostluk, kardeşlik, sevgi ve hoşgörünün sembolü olan büyük şairimizin adı ,o yıl yapılan birçok okula verildiği gibi, okulumuza da " Yunus Emre İlköğretim Okulu" olarak verilmiştir. Okulumuz önce Bakırköy İlçesine bağlıydı. 1992 Eylül Ayı başlarından itibaren yeni ihdas olunan Güngören İlçesi sınırları içinde kaldığından, bu tarihten itibaren Güngören İlçesi' ne bağlandı. 1994 yılı Mart Ayı sonlarında yeni ihdas olunan Esenler İlçesine bağlandı. Halen bu ilçeye bağlıdır. Velilerin fedakâr katkıları ve okul yönetimi ile Okul Koruma Derneğinin dürüst ve özverili çalışmaları sonucu ikinci yılında fen laboratuvarı, üçüncü yılında bilgisayar laboratuvarı ve konferans salonuna sahip olan okulumuz, her yönüyle çevresine iyi örnek oluşturmaktadır. Mahallemizde öğrenci sayısının her geçen gün daha da artmasına karşılık yeni okullar yapılamaması, sınıflardaki öğrenci sayısını sürekli artırdığından yeni okul yerleri arayışı ortaya çıktı. Okulumuzun bahçesinin bir ek bina için uygun olduğu görüşü eski Okul Müdürümüz Muttalip YILMAZ tarafından önerildi ve gerekli girişimler yapıldı. Gerekli incelemelerin yapılmasından sonra inşaatın yapımı projelendirilerek 05.12.2000 tarihinde sözleşme yapılarak inşaata başlanmış olup 09.05.2002 tarihinde kesin devir teslimi yapılmıştır. Böylelikle şu an kullandığımız ortaokul binası yapılmış oldu. Okul binasında 24 derslik, 1 fen laboratuvarı, 1 destek eğitim odası, 1 işlik atölyesi, 1 bilgisayar odası, 1 kütüphane, 2 derslikli ana sınıfı, kantin ve idare odaları mevcuttur. Bu konumuyla daha çok ikinci kademe öğrencilerine hitap ettiğinden 2002-2003 Eğitim-Öğretim yılından itibaren 6-7 ve 8. Sınıfların yerleştirilmesi uygun görülmüştür. Okulumuz bünyesinde 2003 yılında Otistik Çocukları Eğitim Merkezi (OÇEM) açılmıştır. 2004 yılında ise, Esenler Belediyesi tarafından OÇEM öğrencileri için, okul bahçemize bir oyun parkı yapılmıştır.

    Okul binamız 2012 yılında bakanlık kararıyla ilkokul ve ortaokul olmak üzere ikiye ayrılmıştır. Binamız bünyesinde toplam 100 öğrenci mevcutlu 4 anasınıfı şubesi bulunmaktadır. Okulumuz günümüz ihtiyaçlarını karşılayacak büyüklükte ve konforda bir konferans salonuna sahiptir. Konferans salonumuz her türlü teknolojik sisteme uygun bir şekilde dizayn edilmiştir. Okulumuz Fatih Projesi kapsamında akıllı tahta, fiber internet altyapısı vb. özellikleri bünyesinde barındırmaktadır.  29 sınıfımız akıllı tahta teknolojisine sahiptir. Bahçesinde 1 adet basket sahası, futbol sahası bulunmaktadır. Bina içerisinde spor salonumuz bulunmaktadır. Ayrıca son yıllarda yapılan çevre düzenlemesi sayesinde okulumuzun bahçesi dikilen fidanlar ve çiçekler ile daha güzel bir görünüm kazanmıştır.